No existe en nuestro planeta prácticamente un lugar donde no podamos encontrar bacterias, hallándolas en los sitios más inhóspitos como en la Antártida, en los géiseres de Islandia o en el desierto del Sáhara. Por tanto, están tanto en el exterior como en el interior de los seres vivos.
Se estima que en un gramo de arena hay diez millones de bacterias y, solamente, en un mililitro de agua de un río, un millón. Son los seres vivos más numerosos en el planeta, calculándose que hay del orden de cinco quintillones (o cinco billones de trillones), es decir, un trillón de bacterias por cada persona viva.
Hay más de 13.000 especies clasificadas, aunque, seguramente, haya muchísimas más sin clasificar, como mínimo otras 30.000, por lo que conocemos una parte muy limitada del mundo bacteriano. Afortunadamente, el 99,994% de las clasificadas hasta la fecha son inocuas para el hombre; es más, muchas son imprescindibles, ya que son responsables del mantenimiento de los ciclos biogeológicos. Además, han intervenido desde siempre en nuestra dieta, produciendo alimentos y bebidas fermentadas, sirva como ejemplo el yogur, o los productos encurtidos. Nuestra microbiota experimenta cambios, como consecuencia de la influencia de múltiples factores, de un modo similar a los que experimenta cualquier órgano de nuestro cuerpo desde la ontogenia a la muerte. Estos cambios pueden ocurrir en cuestión de días, como ocurre durante la ingesta de antibióticos, o a más largo plazo durante la exposición continuada a una dieta.
A pesar de ello, el estudio de la microbiota ha permanecido bastante estancado durante la mayor parte del siglo XX debido a que no se habían desarrollado tecnologías que permitieran el análisis adecuado de las complejas comunidades microbianas que habitan en nuestro organismo y de la enorme variedad de interacciones que se producen. Este conocimiento ha cambiado radicalmente en los últimos años con la caracterización del microbioma humano, que supusieron un hito en la historia de la biomedicina.
Las Técnicas Ómicas aparecen para contribuir al estudio de la totalidad de microbios existentes en los seres vivos. A este conjunto de microorganismos se les denomina microbiota y los podemos encontrar en el aparato digestivo, en el reproductor, en el respiratorio, en la boca, en la piel…, en definitiva, sobre todo en las zonas de mayor humedad del organismo. La relación de simbiosis entre humano y los miembros de la microbiota es el resultado evolutivo de una interacción biológica en la que, normalmente, una o ambas partes obtienen beneficio.
Ahora sabemos que el estilo de vida actual ha ejercido un fuerte impacto en nuestra microbiota y que algunos de los microorganismos ancestrales y los genes que estos contienen han ido perdiéndose o disminuyendo.
secuenciadores «masivos» o secuenciadores de «segunda generación