Efter mange års forsvinden dukker en mand op — dræbt. Han bliver fundet i en væltet container ved havnen i Gudhjem, og straks mistænkes hans bror for mordet. Men er det den rigtige gerningsmand, som efterforsker Stina Funk og hendes makker Jens Kjøller har fat på?
Da de efterforsker sagen nærmere og følger de få spor, de har at gå efter, bliver de ført ned ad dystre veje, fra en hemmelig grotte uden for byen over et skib uden signal i bugten til et ubeboet hus, der gemmer på en skræmmende ond historie. Inden længe viser det sig, at manden i containeren måske ikke er det eneste offer i sagen, og jo dybere hun graver i sagen, des mere viser det sig, at Funk selv kan være i fare…
Det sorte hus er efterfølgeren til Kirsten Sonnes bornholmerkrimi 'Den vilde'.
